This document specifies a method for the detection and identification of microalgae, macroalgae, cyanobacteria and Labyrinthulomycetes by using morphological methods and/or molecular methods.
The morphological methods in this document are applicable to harvested wet biomass and to harvested dried unground biomass from microalgae, macroalgae, cyanobacteria and Labyrinthulomycetes that have been grown and/or harvested for further processing and/or use.
The molecular methods in this document are applicable to harvested wet biomass and to harvested dried and/or ground biomass from microalgae, macroalgae, cyanobacteria and Labyrinthulomycetes that have been grown and/or harvested for further processing and/or use.
This document describes a toolbox, consisting of several identification methods that can be chosen according to the applicability and purpose of the identification:
- morphological methods based on observation and referring to scientific literature on taxonomy:
- macroscopic identification;
- light microscopic identification.
- molecular methods for sequencing and blasting of sequences:
- 16S rDNA sequencing;
- 18S rDNA sequencing;
- rbcL DNA sequencing;
- ITS sequencing;
- COX1 gene sequencing;
- tufA gene sequencing.
This document does not deal with genetic purity of the biomass or quantification of the identified taxa.
This document is not suitable for the analysis of highly processed biomass with highly degraded DNA where the fragments’ length are not sufficient for amplification of the targets and the morphological characteristics cannot be assessed.
Dieses Dokument legt ein Verfahren für den Nachweis und die Identifizierung von Mikroalgen, Makroalgen, Cyanobakterien und Labyrinthulomycetes (Netzschleimpilze) mittels morphologischer und/oder molekularer Verfahren fest.
Die in diesem Dokument dargelegten morphologischen Verfahren sind anzuwenden für geerntete feuchte Biomasse und geerntete trockene, ungemahlene Biomasse von Mikroalgen, Makroalgen, Cyanobakterien und Labyrinthulo¬mycetes, die für die Weiterverarbeitung und/oder Verwendung kultiviert und/oder geerntet wurden.
Die in diesem Dokument dargelegten molekularen Verfahren sind anzuwenden für geerntete feuchte Biomasse und geerntete trockene und/oder gemahlene Biomasse von Mikroalgen, Makroalgen, Cyanobakterien und Labyrinthulomycetes, die für die Weiterverarbeitung und/oder Verwendung kultiviert und/oder geerntet wurden.
In diesem Dokument wird eine Sammlung von Verfahren beschrieben, die aus mehreren Identifizierungsverfahren besteht, welche je nach Anwendbarkeit und Zweck der Identifizierung gewählt werden können:
- morphologische Verfahren, die auf Beobachtung unter Bezug auf die wissenschaftliche Literatur zur Taxonomie basieren:
- makroskopische Identifizierung;
- lichtmikroskopische Identifizierung;
- molekulare Verfahren zur Sequenzierung und zum Sequenzvergleich ("Blasting"):
- 16S rDNS Sequenzierung;
- 18S rDNS Sequenzierung;
- rbcL DNS Sequenzierung;
- ITS Sequenzierung;
- COX1 Gensequenzierung;
- tufA Gensequenzierung.
Dieses Dokument behandelt weder die genetische Reinheit der untersuchten Biomasse noch die Quantifizierung der identifizierten Taxa.
Dieses Dokument ist nicht geeignet für die Analyse von stark verarbeiteter Biomasse mit hochgradig abgebauter DNS, bei der die Länge der Fragmente für die Amplifikation der Targets nicht ausreichend ist, und bei der die morphologischen Merkmale nicht beurteilt werden können.