The present document specifies a method for direct extraction of DNA from soil samples to analyse the abundance and composition of microbial communities by various techniques of molecular biology including real-time quantitative PCR (qPCR). This method is mainly dedicated to agricultural and forest soils. This method can possibly not be suitable for soils rich in organic matter (e.g. peat soils) or soils heavily polluted with organic pollutants or heavy metals.
The direct extraction of DNA from soil samples provides unique insight into the alpha- and beta-diversity of microbial communities. Next-generation sequencing of amplicons obtained by PCR (polymerase chain reaction) amplification of soil DNA constitutes a promising domain which will in the near future contribute to the development of routine tools to monitor microbial communities in soil environments.
Dieses Dokument legt ein Verfahren zur direkten Extraktion von DNA aus Bodenproben für die Analyse der Abundanz und Zusammensetzung von mikrobiellen Lebensgemeinschaften mit verschiedenen Methoden der Molekularbiologie einschließlich quantitative Echtzeit PCR (real-time qPCR) fest. Dieses Verfahren ist vorwiegend für landwirtschaftlich genutzte Böden und Waldboden anzuwenden. Es ist möglicherweise nicht anzuwenden für Böden mit hohem organischen Anteil (z. B. Torfböden) oder Böden, die stark mit organischen Verunreinigungen oder Schwermetallen belastet sind.
Die direkte Extraktion von DNA aus Bodenproben bietet einen einzigartigen Einblick in die alpha- und beta-Diversität von mikrobiellen Lebensgemeinschaften. Next-Generation Sequencing von Amplikons, die durch PCR Amplifikation von Boden-DNA erhalten wurden, stellen einen vielversprechenden Ansatz dar und können in naher Zukunft zur Entwicklung von Routinewerkzeugen beitragen, die die Abschätzung der mikrobiellen Gemeinschaften im Boden ermöglichen.