This International Standard specifies the crucial steps of a quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) method to measure the abundance of selected microbial gene sequences from soil DNA extract which provides an estimation of selected microbial groups.
It is noteworthy that the number of genes is not necessarily directly linked to the number of organisms that are measured. For example, the number of ribosomal operon is ranging from one copy to 20 copies in different bacterial phyla. Therefore, the number of 16S rRNA sequences quantified from soil DNA extracts does not give an exact estimate of the number of soil bacteria. Furthermore, the number of sequences is not necessarily linked to living microorganisms and can comprise sequences amplified from dead microorganisms.
Diese Internationale Norm legt die entscheidenden Schritte eines Verfahrens zur quantitativen Echtzeit-Polymerase-Kettenreaktion (qPCR) zur Messung der Abundanz ausgewählter mikrobieller Gensequenzen aus Boden-DNA-Extrakten, welches eine Auswertung ausgewählter mikrobieller Gruppen liefert, fest.
Dabei ist die Anzahl an Genen nicht notwendigerweise direkt mit der Anzahl an gemessenen Organismen verbunden. Beispielsweise schwankt die Anzahl ribosomaler Operonen zwischen einer und 20 Kopien in unterschiedlichen Bakterienstämmen. Daher gibt die Menge von 16S rRNA-Sequenzen, die aus Boden-DNA-Extrakten quantifiziert wurden, keine exakte Abschätzung der Anzahl an Bodenbakterien an. Ferner ist die Anzahl an Sequenzen nicht notwendigerweise mit lebenden Mikroorganismen verbunden und kann Sequenzen umfassen, die aus toten Mikroorganismen amplifiziert wurden.